Конфігурація молекул, в стереохімії характеризує просторове розташування атомів або груп атомів в асиметричного атома, в несиметрично заміщеною подвійному зв'язку, в малого (жорсткого) циклу, в центрального атома в комплексах. Відмінності між конфігураціями молекул обумовлюють існування двох видів стійких стереоізомерів — геометричних і оптичних (див. Ізомерія ) . При визначенні До. широко застосовують хімічні і особливо фізичні методи дослідження. Так, спеціальним рентгенографічним методом удалося довести, наприклад, просторове розташування заступників в асиметричних атомів З (відмічені зірочками) в молекулі винної кислоти . — в правообертальній (I) і лівообертальній (II):
До. молекули не міняється при зміні її конформації, тобто при повороті довкола простих зв'язків окремих частин молекули відносно один одного. Інколи (наприклад, у фізичній хімії і хімії високомолекулярних з'єднань) термін «До.» розуміють ширше, маючи на увазі під ним повну просторову модель молекули.