Конфигурация молекул, в стереохимии характеризует пространственное расположение атомов или групп атомов у асимметрического атома, у несимметрично замещенной двойной связи, у малого (жёсткого) цикла, у центрального атома в комплексах. Различия между конфигурациями молекул обусловливают существование двух видов устойчивых стереоизомеров — геометрических и оптических (см. Изомерия). При определении К. широко применяют химические и особенно физические методы исследования. Так, специальным рентгенографическим методом удалось доказать, например, пространственное расположение заместителей у асимметричных атомов С (отмечены звёздочками) в молекуле винной кислоты. — в правовращающей (I) и левовращающей (II):
К. молекулы не меняется при изменении её конформации, т. е. при повороте вокруг простых связей отдельных частей молекулы относительно друг друга. Иногда (например, в физической химии и химии высокомолекулярных соединений) термин «К.» понимают более широко, подразумевая под ним полную пространственную модель молекулы.