Мікронуклеус (від мікро... і лат.(латинський) nucleus — ядро), менше (генеративне) ядро в інфузорій . М. зазвичай діплоїден, ділиться дорогою мітоза ; при статевому процесі в інфузорій — кон'югації — вступає в мейоз і дає початок статевим ядрам — т.з. пронуклеусам. У вегетативному періоді генетичний апарат М. неактивний, не синтезує рибонуклеїнову кислоту і на фенотип інфузорій не впливає.