Забарвлення рослин природне, визначається присутністю в їх органах різних пігментів . Найбільш поширений зелений О. р., пов'язаний з хлорофілом, за участю якої (як і ряду ферментів) рослини здійснюють фотосинтез . Жовта, червона синя і ін. забарвлення квіток і плодів, обумовлені антоцианамі, які розчинені в клітинному соку, і каротиноїдами, зосередженими в пластидах — хромопластах, сприяють залученню комах, що обпилюють квітки, а також птиць, що поширюють плоди і насіння. Різне забарвлення водоростей — результат їх пристосування до проживання на різних глибинах в умовах неоднакового світлового режиму. Так, водорості (зелені, синезелениє), що мешкають в поверхні або в неглибоких водоймищах, мають зелене або синє забарвлення (завдяки наявності пігментів хлорофілу і фікоциана). Водорості, що мешкають на великих глибинах, зазвичай забарвлені в червоні і бурі тони унаслідок присутності пігментів фікоеритрину (червоні водорості), фукоксантину (бурі водорості) і ін. Забарвлення деяких грибів обумовлене пігментами рибофлавіном, хрізогеніном і ін. У більшості бактерій і грибів, а також як виняток у вищих рослин (альбіноси або рослини-паразити — вовчок, повіліка) забарвлення може бути відсутнім.
