Забарвлення мікроорганізмів , один з широко вживаних методів мікробіологічної техніки, що полягає в забарвленні фіксованих кліток мікроорганізмів спеціальними фарбниками. Спочатку в краплю води, що знаходиться на наочному або покривному склі, наносять петлею клітки мікроорганізмів. Після висушування суспензії кліток препарат фіксують такими, що спеціальними фіксують рідинами. Для з'ясування морфології кліток їх забарвлюють спиртними розчинами основних (метиленовий синій, генциановий фіолетовий, фуксин) або кислих (еритрозин, еозин) фарбників. Існують спеціальні методи забарвлення спор або джгутиків у бактерій, а також слизистих капсул у деяких мікроорганізмів. Дуже поширено забарвлення по Граму, що має діагностичне значення (див. Грама метод ). Кокові і спороносні форми бактерій, а також дріжджів — грамположітельни і забарвлюються в синій колір, багато неспороносних бактерій — грамотріцательни і забарвлюються в червоний колір.
Деякі фарбники або хімічні реактиви застосовують для мікроскопічного хімічного аналізу, тобто виявлення в клітках певних органічних речовин. Так, що містяться в клітках ліпіди забарвлюються осмієвою кислотою в чорний, а суданом в червоний колір; метахроматін випадає у вакуолях у вигляді червоних зерен при забарвленні нейтральним червоним; розчин Люголя забарвлює крохмаль в коричневий, а гранулезу в синій колір. Кислототривкі бактерії (наприклад, мікобактерії, що зокрема викликають туберкульоз у людини і тварин, а також збудник прокази) після забарвлення їх фуксином в червоний колір не обезбарвлюються розчином сірчаної кислоти. Вельми поширене вітальне, тобто прижиттєве фарбування нефіксованих кліток мікроорганізмів. Вживання флюоресцентних фарбників (наприклад, акридінового помаранчевого) у поєднанні з люмінесцентною мікроскопією дозволяє розрізняти живі і мертві клітини мікроорганізмів: перші забарвлюються в зелений, другі — в червоний колір.
Широке поширення набули флюоресцентні фарбники, сполучені з сироваткою, що містить антитіла проти мікроба певного вигляду. При люмінесцентній мікроскопії свіченням володіють лише клітки цього вигляду. Таким чином можна без посівів на живильному середовищі швидко встановити вигляд хвороботворного мікроба, що міститься в кишечнику, крові або мокроті хворого, а також види мікроорганізмів, присутніх в грунті.
