Окраска микроорганизмов,один из широко применяемых методов микробиологической техники, заключающийся в окраске фиксированных клеток микроорганизмов специальными красителями. Вначале в каплю воды, находящуюся на предметном или покровном стекле, наносят петлей клетки микроорганизмов. После высушивания взвеси клеток препарат фиксируют специальными фиксирующими жидкостями. Для выяснения морфологии клеток их окрашивают спиртовыми растворами основных (метиленовый синий, генциановый фиолетовый, фуксин) или кислых (эритрозин, эозин) красителей. Существуют специальные методы окраски спор или жгутиков у бактерий, а также слизистых капсул у некоторых микроорганизмов. Очень распространена окраска по Граму, имеющая диагностическое значение (см. Грама метод). Кокковые и спороносные формы бактерий, а также дрожжей — грамположительны и окрашиваются в синий цвет, многие неспороносные бактерии — грамотрицательны и окрашиваются в красный цвет.
Некоторые красители или химические реактивы применяют для микроскопического химического анализа, т. е. обнаружения в клетках определённых органических веществ. Так, содержащиеся в клетках липиды окрашиваются осмиевой кислотой в чёрный, а суданом в красный цвет; метахроматин выпадает в вакуолях в виде красных зёрен при окраске нейтральным красным; раствор Люголя окрашивает крахмал в коричневый, а гранулёзу в синий цвет. Кислотоустойчивые бактерии (например, микобактерии, в частности вызывающие туберкулёз у человека и животных, а также возбудитель проказы) после окраски их фуксином в красный цвет не обесцвечиваются раствором серной кислоты. Весьма распространено витальное, т. е. прижизненное окрашивание нефиксированных клеток микроорганизмов. Употребление флюоресцентных красителей (например, акридинового оранжевого) в сочетании с люминесцентной микроскопией позволяет различать живые и мёртвые клетки микроорганизмов: первые окрашиваются в зелёный, вторые — в красный цвет.
Широкое распространение получили флюоресцентные красители, соединённые с сывороткой, содержащей антитела против микроба определённого вида. При люминесцентной микроскопии свечением обладают лишь клетки этого вида. Таким образом можно без посевов на питательной среде быстро установить вид болезнетворного микроба, содержащегося в кишечнике, крови или мокроте больного, а также виды микроорганизмов, присутствующих в почве.
