Пігментні мікроорганізми, мікроорганізми, створюючі пігменти, їх колонії або посіви штрихом на щільні живильні середовища в пробірці забарвлені в жовтий, помаранчевий, червоний, зелений, синій, фіолетовий, чорний або ін. кольору. Забарвлення колоній може бути обумовлена як пігментацією самих кліток, так і виділенням забарвлених речовин в середу; вона служить діагностичним ознакою і знаходить віддзеркалення у видовій назві мікроорганізму. Так, твірна жовтого пігменту сарцина називається Sarcina lutea, тобто жовта. П. м. зустрічаються серед всіх систематичних груп: кокових форм, спороносних і неспороносних бактерій, спірил, актиноміцетів, дріжджів, мікроскопічних грибів і ін. На інтенсивність утворення пігментів в П. м. великий вплив робить склад живильного середовища. По хімічній природі пігменти вельми всілякі: каротиноїди відносяться до вуглеводнів, інші пігменти — похідні феназину, антоциани і чорні пігменти меланіни — ароматичні з'єднання і т.д. Фотоавтотрофні бактерії, що здійснюють фотосинтез, містять бактеріохлорофілли що відрізняються за хімічною будовою від хлорофілу вищих рослин. Каротиноїди захищають П. м. від згубної дії ультрафіолетових променів (тому в повітрі так багато П. м.), а у фотоавтотрофних бактерій беруть участь у фотосинтезі. Деякі пігменти володіють антибіотичними властивостями.
