Трепанація [франц. trеpanation, від trеpan (греч. trуpanon) — бурав, трепан] в медицині, операція розтину кісткової порожнини. Виробляється спеціальними інструментами — трепаном (коловоротом) з набором фрез, кусачками, долотом і ін. Спочатку Т. позначали лише розтин порожнини черепа з метою видалення пухлини мозку або гематоми, або перев'язки судин при травмі і тому подібне У сучасній медичній практиці поряд з Т. черепа виробляють Т. трубчастих кісток при остеомієліті, сосковидного відростка скроневої кісті при мастоїдиті . Терміном «Т.» позначають також розтин порожнини зуба, операцію на склері ока, узяття кісткового мозку для дослідження (тіпано біопсія).