Донська військова флотилія, почала створюватися в 1723 в Таврове для дій проти турецьких кораблів в Азовському морі. До 1735 було побудовано 15 прамов — плоскодонних артилерійських парусних судів, близько 60 галер і ін. Д. ст ф. під командуванням контр-адмірала П. П. Бредаля брала участь в російсько-турецькій війні 1735—39, при узятті Азова, висадці і підтримці сухопутних військ в Криму і ін. У 1739 розформована. Знов створена на початку російсько-турецької війни 1768—74 і під командуванням віце-адмірала А. Н. Сенявіна успішно взаємодіяла з сухопутними військами в Криму, брала участь в узятті Керчі і Еникале (1771), після заняття Криму відображала спроби турецьких десантів в Криму. Скасована в 1783 з початком будівництва Чорноморського флоту.
Радянська Д. ст ф. існувала в марте—августе 1919, сприяючи військам Південного фронту в боротьбі з білогвардійцями на Доні. Командував Д. ст ф. П. П. Делло (з травня Б. Ф. Корсак), комісаром був А. Ст Бабкин. У 1941 із складу Азовської військової флотилії виділився Окремий Донський загін кораблів, який брав участь в обороні гирла р. Дон спільно з військами 9-ої і 56-ої армій.
