Микрофлора (от микро... и флора), совокупность микроорганизмов, находящихся в той или иной среде: почве, воде, воздухе, пищевых продуктах, в организмах человека, животных и растений и т. п. Обычно в естественных субстратах обитают разнообразные микроорганизмы: бактерии, актиномицеты, дрожжи, микроскопические грибы и водоросли. Количество микроорганизмов в среде определяют путём посева определённой навески (или объёма) исследуемого вещества на плотные, а с применением капиллярной техники — и жидкие питательные среды. Число колоний, вырастающих на плотной среде, даёт представление о количестве микроорганизмов, содержащихся в 1 г или в 1 мл исследуемого образца почвы, воды и др. Широко применяют также метод прямого счёта микроорганизмов: препарат исследуемого вещества окрашивают и подсчитывают под микроскопом число клеток. Для определения количества клеток в жидкостях их фильтруют через мембранные фильтры (см. Бактериальные фильтры). Этим методом установлено, что в воде и почве обитает гораздо больше микроорганизмов, чем полагали прежде, основываясь на результатах посевов. В зависимости от степени загрязнённости вода содержит от 5 до 100 тыс. клеток в 1 мл, в почве число микроорганизмов обычно достигает 2—3 млрд в 1 г. Кожа, слизистые оболочки, желудок, кишечник (см. Кишечная флора) и другие органы животных и человека постоянно служат местообитанием т. н. нормальной М., не оказывающей заметного вредного действия на организм.