Онежська військова флотилія , створена в липні 1918 для дій на Онежському і Ладозькому озерах під час Громадянської війни 1918—20. Первинна складалася з 9 катерів, пізніше поповнена судами, мобілізованими з цивільних відомств. З бойових дій О. ст ф. найбільш відома Відліцкая операція 1919 і опанування островів Великої Клімецкий і Мега-серія (вересень — жовтень 1919). Після Громадянської війни розформована.
Під час Великої Вітчизняної війни 1941—45 сформована 7 серпня 1941 і існувала до листопада 1941, потім відтворена в грудня 1942. У її склад спочатку входили 5 канонерських човнів, переобладнаних з озерних буксирів і озброєних знаряддями, і декілька тральщиків; пізніше була поповнена катерами з реактивними установками. О. ст ф. (командувач — капітан 1-го рангу А. П. Дияконів, з липня 1943 контр-адмірал П. С. Абанькин) підтримувала дії приозерних флангів 7-ої і 32-ої армій Карельського фронту в 1941, брала участь в Операції Свірсько-Петрозаводська 1944, переправляючи через р. Свірь війська і підтримуючи їх вогнем, висаджуючи десанти (в кінці червня 1944 в бухті Лахтінськой, губі Уйськой і в Петрозаводську). У липні 1944 розформована.
